Стандартные патологические тесты превосходят молекулярные подтипы при раке мочевого пузыря — ScienceDaily

Пытаясь разработать сравнительно простой и недорогой способ дать врачам и их пациентам с раком мочевого пузыря лучшее представление о вероятном исходе и лучших вариантах лечения, ученые обнаружили, что изощренные новые методы субтипирования, разработанные для этого, предоставляют не лучшую информацию, чем давняя патология. тесты.

Они рассмотрели несколько наборов данных о раковых образцах от пациентов с мышечно-инвазивным раком мочевого пузыря, высокоуровневым раком, связанным с высоким уровнем смертности. Наборы данных включали тот, который использовался для определения возникающих молекулярных подтипов, и имели информацию о результатах по пациентам.

Они постоянно находили, что молекулярное субтипирование опухолей мочевого пузыря, которое в настоящее время предлагается пациентам, было превзойдено стандартными тестами, которые долгое время использовались патологами для характеристики рака как низкого или высокого уровня и определения степени его инвазии в стенку мочевого пузыря. , окружающие жир, лимфатические узлы, кровеносные сосуды и за их пределами, они сообщают в исследовании, представленном на обложке Журнал урологии.

«Мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря агрессивен, у него часто очень плохой прогноз». говорит доктор Вината Б. Локешвар, заведующая кафедрой биохимии и молекулярной биологии в Медицинском колледже Джорджии в Университете Августы. «Каждый пытается выяснить, как улучшить диагностику, лечение и выживание».

«Генетическое профилирование опухоли пациента определенно имеет ценность, позволяя вам находить факторы роста и метастазирования, которые помогают направлять лечение этого человека, даже если оно помогает определить новые цели лечения». говорит Локешвар, соответствующий автор исследования и член Онкологический центр Джорджии. «Но использование этой информации для подтипа опухолей, по-видимому, не добавляет диагностической или прогностической ценности для пациентов».

Скорее исследователи предполагают, что необходимы дополнительные исследования, прежде чем молекулярные подтипы используются для помощи при лечении пациентов.

Развивающиеся диагностические подходы включают составление банков данных по экспрессии генов и мутациям, присутствующим в типе рака, чтобы найти паттерны экспрессии генов, которые затем используются для подтипа опухолей, которые «патологически похожи», но отличаются молекулярно. Идея состоит в том, что молекулярные подтипы лучше оснащены, чтобы указывать, какой рак является более или менее агрессивным, и помогать управлять вариантами лечения, например, лучше ли химиотерапия перед операцией по удалению больного мочевого пузыря.

Это было РНК-секвенирование, или RNA-Seq, и федеральный банк данных генетического материала из широкого спектра раковых заболеваний, который позволил исследователям со всего мира исследовать экспрессию генов в конкретном типе опухоли, ища общую экспрессию некоторых генов, которые коррелируют с конкретный клинический результат. Два подтипа, люминальный, который предсказывает лучшую выживаемость, и базальный, который предсказывает плохой прогноз, были впервые идентифицированы для мышечно-инвазивного рака мочевого пузыря, и в настоящее время появилось в общей сложности шесть подтипов. Первая статья о подтипах мышечно-инвазивного рака мочевого пузыря была опубликована в журнале Nature в 2014 году.

Но в своем поиске более простого, более дешевого и широко доступного теста, обеспечивающего аналогичное понимание, исследователи обнаружили, что эти появляющиеся подтипы опережали обычные клинические параметры, такие как степень опухоли и ее распространение на лимфатические узлы или кровеносные сосуды, говорит Локешвар.

Читайте также

Их работа началась всерьез с исчерпывающего обзора аспирантов Дейли С. Морера и Сарры С. Лаховерала о наборах данных о пациентах и ​​различных методах классификации, используемых для идентификации молекулярных подтипов.

Они нашли 11 генов, которые были общими во всех методах классификации подтипов. Они думали, что если они собираются разработать широко доступный тест, подтипов, основанных на этих общих генах, может быть достаточно. Они решили назвать свою новую панель подтипов MCG-1.

Вместо того, чтобы делать RNA-Seq, который стоит несколько тысяч долларов, они использовали легкодоступный метод количественной ПЦР с обратной транскрипцией стоимостью менее 10, который также рассматривает экспрессию генов и фактически используется для проверки данных RNA-Seq, говорит Локешвар.

Сначала они посмотрели на свою собственную группу из 52 пациентов с раком мочевого пузыря, 39 из которых имели мышечно-инвазивное заболевание. Они обнаружили, что MCG-1 был только на 31-36% точным в прогнозировании важных показателей, таких как вероятность метастазирования; выживаемость в зависимости от заболевания, то есть выживание при раке мочевого пузыря; или общая выживаемость, то есть выживаемость от всех причин смерти с момента установления диагноза рака или начала лечения до конца исследования.

Признавая, что набор данных, который они использовали, был сравнительно небольшим и что они не использовали RNA-Seq для анализа, они затем использовали три набора данных пациентов из базы данных рака ONCOMINE, в которых было больше пациентов 151 с мышечно-инвазивным раком мочевого пузыря, а также использовали RNA-Seq, чтобы посмотреть при экспрессии генов.

«Мы обнаружили то же самое: MCG-1 не мог предсказать смертность от конкретного заболевания». говорит Локешвар. У некоторых пациентов в этом наборе данных была доступна информация о реакции на химиотерапию, например, о широко используемой химиотерапии на основе цисплатина после хирургического удаления мочевого пузыря, но подтипы также не могли предсказать реакцию химиотерапии, говорит она.

Затем они посмотрели на набор данных, который использовался большой сетью исследователей для определения подтипов, Атласа генома рака или TCGA. TCGA. это проект Национального института рака и Национального института исследований генома человека, который начался в 2006 году и собрал генетический материал для 33 различных видов рака. Набор данных включает в себя обычную информацию о патологии на 402 образцах от пациентов с мышечно-инвазивным раком мочевого пузыря. Он также включает общую выживаемость этих пациентов и выживаемость без рецидивов, то есть когда или если их рак вернулся или прогрессировал.

«До этого момента мы смотрели на пациентов, которых не видели другие группы». говорит Лаховерала.

В этом наборе данных MCG-1 предсказал общую выживаемость, сходную с данными, полученными по подтипам в нескольких громких публикациях.

«Мы были заинтригованы, почему MCG-1 не мог ничего предсказать в нашей когорте или наборе данных ONCOMINE, но предсказал общую выживаемость в наборе данных TCGA». говорит Морера.

Таким образом, они снова посмотрели на 402 пациентов, чьи образцы были в наборе данных, и обнаружили, что опухоли у 21 пациента были на самом деле низкими. У пациентов с опухолями низкой степени выживаемость и прогноз лучше, чем у пациентов с инвазивным заболеванием мышц высокой степени.

Когда они удалили случаи низкого уровня из набора данных TCGA, MCG-1 точно предсказал практически ничего, даже не общую выживаемость. Затем они включили некоторых пациентов с низкокачественными опухолями в свой собственный набор данных, на который они смотрели изначально, и MCG-1 теперь мог прогнозировать метастазирование и специфическую выживаемость при заболевании, говорят исследователи.

Стандартные патологические тесты превосходят молекулярные подтипы при раке мочевого пузыря - ScienceDaily

Читайте также

  • TikTok запрещает вводить в заблуждение информацию
    Популярное приложение для обмена видео TikTok выпустило в среду широкий запрет на «вводящую в заблуждение информацию», которая может нанести вред его сообществу или общественности, выделяя себя среди конкурентов, таких как Facebook, которые говорят, ...
  • Как Подключить Наушники К Ноутбуку Леново
    Как подключить Bluetooth к ноутбуку. Пошаговое руководство.Как мне подключить Bluetooth к моему ноутбуку?1. Сначала убедитесь, что у вас есть. Обычно это обозначается буквой B или Bluetooth на ноутбуке.2. Итак, есть беспроводное соединение, теперь ег...
  • LG обновляет ультралегкие грамм ноутбуки — конвертируемое ледяное озеро внутри
    Наряду с их флагманской 17-дюймовой моделью LG на этой неделе также дала своим 14-дюймовым и 15,6-дюймовым граммовым ноутбукам LG обновление Ice Lake. Обновленные машины объединяют процессоры Intel Ice Lake с 24 ГБ ОЗУ, все они заключены в минималист...
  • Как Подключить Интернет На Смарт Тв Philips
    Аннотация по настройке и подключению Philips smart tv, регистрация в Club PhilipsДля использования Philips smart tv необходимо во первых иметь активное подключение к сети, во вторых провести настройку подключения.Подключение телека к сети непременно ...
  • Как Сделать Скриншот На Сяоми Редми Ноут
    10 скрытых функций на смартфонах xiaomi, о которых вы даже не зналиСмартфоны Xiaomi на мобильном рынке не заняли плохое место, и все чаще я встречаю людей с телефонами этого производителя. И это абсолютно верно, поскольку эти устройства превосходны, ...
  • Iphone 8 Не Горит Экран Телефона
    И получите наилучшее предложения от испытанных мастеров. Сравните цены и изберите наилучшие условия Отклики только от заинтересованных профессионалов Не теряете время на общение с посредникамиЕсли не стал работать экран на iPhone, есть шанс совладать...

Исследователи утверждают, что все существующие подтипы классифицируются как плохие или лучше на основании прогноза рака. Присутствие низкосортных опухолей в классификации подтипов исказило данные, чтобы создать впечатление, что подтипы предсказывают общую выживаемость, тогда как на самом деле именно степень рака была прогностической.

«Как следователи, первое, что мы сделали, это поставили под сомнение наши выводы, так как результаты были настолько отличны от тех, о которых сообщали другие». говорит Локешвар.

С помощью биостатиста MCG и соавтора доктора Санту Гоша они также вернулись и посмотрели на тех же пациентов в наборах данных TCGA и подтипы, которые были им назначены тремя различными методами классификации, установленными сетью исследователей рака мочевого пузыря.

«Даже с этими установленными методами классификации, подтипы были точны только в 50% случаев при прогнозировании общей выживаемости пациентов. И снова, рутинные параметры патологии, такие как инвазия в лимфатические узлы или кровеносные сосуды, были более точными, чем установленные подтипы при прогнозировании прогноз пациентов «, говорит Лаховерала.

Недавнее исследование, проведенное исследователями из шведского университета Лунда, опубликованное в журнале Urologic Oncology, подтверждает выводы исследователей MCG. Их исследование 519 пациентов, у которых был удален мочевой пузырь из-за рака мочевого пузыря, обнаружило, что подтипы не связаны с выживаемостью, специфичной для рака.

По словам Мореры, отчасти проблема с подтипированием может быть связана с неоднородностью опухолей. Существует выраженная гетерогенность в экспрессии генов опухолей, даже среди опухолей одного и того же типа, таких как рак мочевого пузыря, а также в разных частях одной и той же опухоли. Кроме того, этот паттерн гетерогенности может меняться как во время роста опухоли, так и в процессе лечения.

«Тот факт, что это рак мочевого пузыря, не означает, что он одинаков у всех пациентов. Мы знаем, что опухоли очень динамичны, и поэтому существует гетерогенность». говорит Локешвар.

«Поскольку существует разнородность, могут возникнуть проблемы, если вы хотите классифицировать опухоль в один подтип». говорит Морера.

Как видно из названия, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря уже распространился от выстилки мешковидного органа к его мышечной стенке. Опухоли высокой степени злокачественности, если их не выявить на ранней стадии, будут распространяться в мышцу мочевого пузыря, тогда как опухоли низкой степени злокачественности редко бывают инвазивными. Безболезненная кровь в моче является наиболее распространенным признаком рака мочевого пузыря, хотя только у небольшого процента людей с этим есть рак. Курение является основным фактором риска развития рака мочевого пузыря.

Опубликованное исследование было поддержано Национальным институтом рака и Программой исследований рака, проведенной министерством обороны.

Стандартные патологические тесты превосходят молекулярные подтипы при раке мочевого пузыря - ScienceDaily

You may also like